Este script irá suprimir o aviso (ele irá clicar em "Executar").
@ECHO OFF
REM External app to launch
CALL E:\file_from_external_location.exe
REM Make a VBS-script that will switch to the warning and press "Run"
ECHO ^
CreateObject("WScript.Shell").AppActivate "Open File - Security Warning"^
WScript.Sleep 500^
CreateObject("WScript.Shell").SendKeys "%%R"^
>vbs.vbs
CALL vbs.vbs
DEL vbs.vbs
Não tenho certeza se isso é necessário. Se eu chamar o aplicativo do script, não parece haver nenhum aviso sobre a abertura do programa.
REM External app to launch
CALL E:\file_from_external_location.exe