Não, isso não seria um problema. O dimensionamento de MTU se torna um problema se os terminais esperarem um determinado tamanho de MTU, mas o tamanho da MTU é menor em algum lugar ao longo do caminho, causando fragmentação ou se o bit DF estiver definido, um erro e o terminal precisará retransmitir.
Se os roteadores entre os endpoints tiverem MTUs mais altas do que os endpoints, a fragmentação não ocorrerá e você não terá problemas.