Você poderia (talvez, deixe-me saber se funciona) criar um novo diretório chamado ~/.files-to-be-backed-up/
e, em seguida, linkar seus arquivos individuais para esse diretório:
mkdir ~/.files-to-be-backed-up/
ln -s ~/Desktop/file ~/.files-to-be-backed-up/file
Em seguida, basta definir Deja-Dup para fazer backup de qualquer coisa nesse diretório oculto.