Ok, olhando para o exemplo do pato, eu pude fazer o que eu quero:
./ffmpeg -y -i sample.mp4 -f lavfi -i color=c=black:s=30x40 -filter_complex "[1:v]scale=w=iw:h=ih[scaled]; [0:v][scaled]overlay=x=0.20*main_w:y=0.10*main_h:eof_action=endall[out]; [0:a]anull[aud]" -map "[out]" -map "[aud]" -strict -2 outputfile.mp4
isso coloca um retângulo de 30X40 no vídeo.
também "drawbox" funciona:
ffmpeg -y -i sample.mp4 -vf "drawbox=x=10:y=10:w=100:h=100:[email protected]:t=max" outputfile.mp4