Você está procurando o RemoteApp, um recurso da área de trabalho remota em que, ao se conectar a um servidor de área de trabalho remota, apenas um aplicativo é transmitido em vez de todo o ambiente de área de trabalho.
O servidor precisa suportá-lo, mas o cliente pode usar apenas um arquivo .rdp modificado.
Devido à falta de informações sobre onde o servidor está, não posso fornecer mais detalhes do que isso, mas o google para RemoteApp fornecerá todos os requisitos no servidor.