Supondo que você queira dizer o seguinte:
Have a harddrive which has a C and D partition, and the symlinks are on the D partition prior to the reinstallation where the D partition is not affected.
Se este for o caso, então sim, após uma reinstalação, os links simbólicos permanecerão em vigor, mesmo que apontem para pastas na unidade C, e não importa se essas pastas são alteradas pela reinstalação.
Se, por algum motivo, após a reinstalação, o Symlink apontar para um local que não existe mais, o symlink em si permanecerá em vigor, ele será tratado como acontece normalmente se você criar um symlink em uma pasta e remover seu destino ou crie um symlink para uma pasta não existente. Ao tentar acessar a pasta, ele dará um erro "este arquivo / pasta não existe".
Se os links simbólicos estiverem na unidade C, dependendo do local onde estão localizados, eles serão ou não substituídos pela reinstalação do Windows. Basicamente, todas as pastas que são criadas / modificadas pela instalação do Windows sobrescrevem o symlink. Então, C: \ Usuários, C: \ Arquivos de Programas (e versão x86) C: \ ProgramData e C: \ Windows (incluindo subpastas) são todos afetados dessa maneira.
Mas C: \ MySymLink não será sobrescrito, a menos que você formate a unidade C: \ durante a instalação ou escolha remover arquivos durante a redefinição do Windows.