Na documentação do mutt, você pode controlar se as mensagens não lidas estão marcadas como antigas (com um marcador O em vez de N ) quando você sai do programa:
3.122. mark_old
Type: boolean Default: yes
Controls whether or not mutt marks new unread messages as old if you exit a mailbox without reading them. With this option set, the next time you start mutt, the messages will show up with an “O” next to them in the index menu, indicating that they are old.