Eu só posso te ajudar com a parte regex, já que eu não estou familiarizado com o editor Sam Text.
Encontrar: foo- > bar
Substitua por: // foo-bar \ r \ nfoo-baz
Como você está trabalhando em um ambiente unix, talvez queira substituir por:
// foo-bar \ nfoo-baz
Portanto, um fim de linha "unix" em vez de um fim de linha "windows".
Para informações sobre como usar o regex em Sam, sugiro que você consulte o manual ou qualquer tutorial que você possa (provavelmente?) encontrar através do google.