Eu não sei sobre a natureza da falha que você experimentou. "Algo" não me diz exatamente muito. Mas se você não tiver outra opção, poderá alcançar as definições de camada e rootfs de cada contêiner. Antes de tentar isso, certifique-se de que você não tem outra opção. Qualquer deslize aqui irá corromper permanentemente o contêiner. Então eu começaria com uma cópia não simbólica.
Você também pode simplesmente copiar os arquivos que deseja proteger da estrutura do arquivo contêiner, se desejar. Apenas certifique-se de não estragar nada no recipiente em si.
Vá para:
cd /var/lib/docker/aufs/mnt/
veja o que você pode encontrar lá, se você ll este diretório você verá um monte de diretórios com nomes alfanuméricos longos. cada um deles representa uma imagem. Quando você digita docker ps , recebe um pequeno número desses números. Procure sua imagem. Depois de encontrá-lo, você pode simplesmente navegar para dentro e ter muito cuidado a partir de agora.
Aqui é um dos meus. Tudo o que não foi adicionado por uma camada ou por você em seu dockerfile, um volume, etc ... será um link simbólico. O resto será seus arquivos.
Lembre-se que esta é uma recuperação de último recurso. Você pode destruir o contêiner por aí. Portanto, tenha cuidado.