Acho que você está fazendo um redirecionamento em algum lugar
Verifique se o seu Route 53 é autoritativo para a sua zona. O que significa que você precisa ir ao seu registrador e certificar-se de colocar os servidores DNS como os do Route 53.
Depois de ter feito isso, crie um CNAME (ou um registro A) no Route 53 e aponte-o para o seu nome EC2 (ou endereço IP).