"SyncBack Pro" da 2brightsparks deve funcionar bem para você, pois você pode configurá-lo para detectar cada unidade e fazer backup, espelhar ou sincronizar a unidade inteira onde quiser e detectar IDs seriais diferentes para dispositivos, mesmo que carta não combina é ainda pode funcionar. Eu corro isso em drives e pastas com mais de 1TB de tamanho sem problemas. Dependendo do estilo de backup, pode ser ainda mais rápido se você espelhar, após a primeira execução será mais rápido, pois só precisa verificar as alterações e fazer backup somente do que foi alterado.