Clique com o botão direito do mouse em um arquivo .py e pressione "Get Info" . Role para baixo até "Open With" e mude para IDLE. Depois, clique em "Change All" para persistir em todos os arquivos .py.
Se você simplesmente pressionar "Open With" e tentar fazer com que o IDLE seja o padrão desse menu, isso só tornará o IDLE o editor padrão para aquele arquivo exato, não todos os arquivos .py.