O instalador do Kubuntu inclui a opção de fazer a criptografia completa do disco (*) com o LUKS (todo o seu sistema está criptografado) (é isso que estou usando ...).
O LUKS é o melhor possível quando se trata de criptografia de disco.
(*) cuidado, quando você digita a primeira tecla, o teclado é mapeado para o QWERTY US. Se você estiver usando um layout diferente, insira melhor uma chave agnóstica de layout simples nesse ponto e altere-a posteriormente com uma chave real (o layout real do teclado será usado em todos os outros casos).