O htop tem esquema de cores codificado e, para alterá-lo, você só pode corrigir o código-fonte e criar um htop personalizado (consulte issue a>)
Por outro lado, o código de cores que alguns terminais renderizam como preto, outros, como cinza escuro. Você pode verificar se um terminal suporta a mudança de esquemas de cores e simplesmente mudar a cor preta para adequado.
Verifique se o seu terminal tem a opção "Usar cores vivas para texto em negrito", pode ajudar também.