Windows, especialmente versões mais recentes, como (sob) sobrescrever bootloaders de sistemas operacionais estrangeiros. Para EFI, isso não é um grande problema, pois pode haver bootloaders diferentes. Mas para BIOS / legacy boot, pode haver apenas um bootloader.
A solução mais segura é alternar para a inicialização EFI ou para limpar a instalação do Windows / não iniciá-la.
EDIT: De acordo com este post , pode ajudar a desativar a hibernação no Windows:
powercfg /h off