Às vezes, o Excel tenta ser "inteligente" supondo que os valores de coluna sejam "texto", mesmo se você definir a coluna como "Número". Para garantir que você realmente tenha valores numéricos nessa coluna em vez de valores de texto que contenham números, faça o seguinte:
1) Multiplique a coluna inteira com 1 (você pode usar a função Colar Especial para multiplicar um intervalo de células por um número, no seu caso 1)
2) Volte a executar o seu filtro.