Assumindo que o seu arquivo de texto foi criado como único (em vez de ser criado regularmente por um script / processo), você deve simplesmente carregá-lo em um editor de texto que tenha uma boa função de pesquisa / substituição - como o Notepad ++ .
Você pode executar uma série de comandos de pesquisa / substituição para remover caracteres inválidos.
Note que alguns espaços em branco são perfeitamente legais em nomes de arquivos / pastas, é claro, também atente se estiver usando versões não inglesas de um sistema operacional, pois eles podem usar caracteres Unicode.