O problema é o Windows 8/10 "inicialização rápida".
Quando "inicialização rápida" está em
(essa configuração em Opções de energia- > "Escolha o que o botão liga / desliga faz" - > "Alterar configurações que não estão disponíveis atualmente" - > "Ativar a inicialização rápida (recomendado) "
O Windows não desliga completamente, mas cria uma imagem do sistema para iniciar rapidamente a partir desta imagem. Esta imagem contém drivers carregados, arquivos abertos, etc.
Quando você inicializa outro sistema como o Linux, ele acessa arquivos na partição do Windows, fato que o Windows reconhece mais tarde em "inicialização rápida", relata a partição Windows deformada e inicia o reparo.
Solução: alterne a "inicialização rápida" para OFF.