O Windows removendo outras entradas do carregador de boot é um problema conhecido, embora não universal. Veja esta pergunta e minha resposta no AskUbuntu para um pouco mais informação. Em resumo, usar bcdedit no Windows geralmente corrige o problema:
bcdedit /set {bootmgr} path \EFI\refind\refind_x64.efi
Você digitaria isso em uma janela Prompt de Comando do Administrador. Isso pressupõe que o rEFInd esteja instalado no local habitual no ESP.
Uma ressalva: sabe-se que esse procedimento funciona em PCs baseados em UEFI. Como os Macs são diferentes, pode haver uma diferença extra que fará com que esse procedimento falhe. Em caso afirmativo, você pode tentar criar uma pequena partição HFS +, instalando nela usando a opção --ownhfs para refind-install e, em seguida, usando a ferramenta do macOS para defini-la como a opção de inicialização padrão se o Windows se comportar mal novamente.