Se eu entendi a pergunta corretamente, você quer que o PC execute silenciosamente o lote como admin após a reinicialização.
Se este for o caso, eu recomendo inserir um valor de string na chave de registro 'RunOnce' antes de reinicializar para iniciar um script Visual Basic que obtenha privilégios de administrador (isso pode pedir entrada do usuário, geralmente apenas clicando em 'Sim') e em seguida, inicie o lote. Eu sei que é meio volumoso, mas é assim que eu fiz isso funcionar para mim. VBS abaixo:
Set UAC = CreateObject("Shell.Application")
UAC.ShellExecute "cmd.exe", "/c FILEPATH", "", "runas", 1