Basicamente, você deve executar um script diretamente do WinPE automaticamente depois de inicializar.
Este script deve mapear a unidade, executar a inicialização e executar outras funções necessárias.
Esta resposta parece explicar melhor como fazer isso:
Under the "sources" folder on the PE key is the "boot.wim" file.
Mount Boot WIM: dism /Mount-Wim /wimfile:C:[WPE PATH]\sources\boot.wim /index:1 /MountDir:C:\Mounted_images\boot
Then the file can be found at: C:\Mounted_images\boot\Windows\System32\startnet.cmd
Commit changes and Unmount WIM: dism /Unmount-Wim /MountDir:C:\Mounted_images\boot /commit
If you want to discard changes instead: dism /Unmount-Wim /MountDir:C:\Mounted_images\boot /discard