Eu tive o mesmo problema, mesmo ao criar uma nova pasta de trabalho.
Solução
Descobri que, mesmo quando criei um novo bloco de anotações (local), alguns locais padrão ainda estavam apontando para um bloco de anotações localizado na nuvem.
Verifique isso em File -> Options -> Save & Backup -> Save
Talvez um desses locais (para mim, era a Seção de Notas Rápidas) aponte para um local desconhecido ou em nuvem. Mudei isso para uma localização local e o popup de limpeza irritante tinha sumido (assim como a minha sincronização na nuvem, mas eu posso viver sem ela).