Na minha opinião, esta é a maneira errada de pensar. Embora a libc esteja limitada às tentativas sequenciais de usar servidores DNS, a lista de servidores DNS globais deve conter entradas que sejam todas iguais e o comportamento do dnsmasq esteja perfeitamente correto.
Se você quiser configurar determinadas subárvores DNS para serem manipuladas por servidores DNS diferentes como uma exceção à árvore raiz, faça exatamente isso.
Até onde eu sei, você pode configurar as instâncias dnsmasq fornecidas pelo NetworkManager em /etc/NetworkManager/dnsmasq.d/
, o que já é coberto por respostas a outras perguntas.
Além disso, o dnsmasq não é a única opção para uma distribuição moderna. Você ainda pode usar o bom e velho arquivo de configuração /etc/resolv.conf
libc em todas as distribuições do NetworkManager incluindo o seu Ubuntu. Ou você pode usar Unbound em algumas distribuições. Existem todos os tipos de maneiras de abordar a configuração do DNS local em distribuições modernas.