Em seu comando,
ffmpeg -i Silence2016.mkv English.srt -map 0 -map 1 -c copy output.mkv
não há -i
antes do nome do arquivo SRT, então o ffmpeg acha que é o nome do seu arquivo de saída. Normalmente, o ffmpeg selecionaria um fluxo entre as entradas que poderiam ser alteradas para a saída, mas como o MKV não tem subs, não há fluxos para transcodificar. Infelizmente, o SRT quase certamente foi eliminado quando o ffmpeg o abriu para escrever.
Se você tiver um backup do SRT, use
ffmpeg -i Silence2016.mkv -i English.srt -map 0 -map 1 -c copy output.mkv