Eu concordo com você. No entanto, o FTP ainda é permitido em muitos hosts porque é a única ferramenta que muitas pessoas usam para transferir arquivos. É uma negociação de decisão de negócios para sua empresa de hospedagem. Como Daniel mencionou, a coisa mais importante é a limitação da taxa, a quantidade de tentativas que seus hosts permitem e a espera entre as tentativas. Se houver um limite razoável, seu FTP ainda estará razoavelmente seguro.
Sugiro que você faça essas perguntas ao seu host. Boa sorte!