Se você não puder ver a janela na tela, não poderá enviá-la, como os comentários apontaram.
Tente usar ControlSend
, o que não requer que a janela esteja ativa. Eu não testei o código abaixo ... talvez algo que você possa jogar. A instrução WinExist()
obtém o ID da janela do notepad recém-criada ... se você tiver mais de uma janela aberta, será necessário delinear qual delas e tomar mais cuidado ao derivar isso, mas é bom para um caso de teste em que o bloco de notas não está sendo executado e você inicia uma janela. Você também pode substituir a instrução de suspensão por WinWait
nesse caso.
run Notepad.exe
sleep 1000
ControlSend,, test, % "ahk_id" WinExist("ahk_exe notepad.exe")
return