Eu tive o mesmo problema com o Ubuntu 16.04 LTS no meu Surface Pro 2. O problema vem do linux-kernel.
Para resolver o problema, instalei o gerenciador de redes WICD. Eu não tenho problema com wifi desconectado aleatoriamente depois disso.
Dê uma olhada no WICD - > link
se você não gosta do WICD, pode voltar ao gerenciador de rede padrão sem problemas.