Este é um bug conhecido no Excel.
Uma solução conhecida é fechar o Excel e abrir um prompt de comando como Administrador (pesquisa do Windows - > 'cmd' - > Clique com o botão direito do mouse em Prompt de Comando - > 'Executar como Administrador') e execute o comando :
sfc /scannow
Em seguida, abra o Excel novamente e verifique se todas as codificações estão listadas agora.