Para duplicatas do AutoHotkey, você pode editar os scripts que está usando e adicionar #SingleInstance, Force , #SingleInstance, Ignore , #SingleInstance, Off , etc., para adaptar os diálogos em um relançamento.
Veja a ajuda para #SingleInstance .
Esta é a solução preguiçosa neste caso para não ter que remover ervas daninhas através de suas entradas de registro, mas também pode ser usado para consertar a mesma coisa acontecendo em outros casos, digamos que você execute o script novamente manualmente deseja uma caixa de diálogo) ou diga que você deseja que a nova instância substitua a instância antiga.