Eu tenho resposta de resposta no CentOS Forum. Eu decidi responder a esta pergunta como ninguém fez até agora.
O comando MATLAB aceita opções adicionais. Um deles é:
matlab -desktop
Start MATLAB without a controlling terminal. Use this option when you start MATLAB from a window manager menu or desktop icon
Então, essencialmente, adicionar -desktop à propriedade Exec
resolveu o problema:
Exec=/opt/matlab/R2017a/bin/matlab -desktop