Eu tentei as versões de 32 e 64 bits do MySQL Workbench 6.3 (todas as minhas máquinas são máquinas de 64 bits). Mesmo resultado. Eu tentei a versão de 64 bits do Workbench 6.2. Mesma coisa. A versão mais recente com a qual ela parece funcionar é a versão de 32 bits do Workbench 6.1 (a única versão disponível para download em link )
Dito isto, eu acho que o Percona não suporta oficialmente o MySQL Workbench.