Um aplicativo não é considerado apenas um arquivo. Todos os componentes são levados em conta. Um aplicativo pode ter um iniciador, o arquivo .exe principal e vários outros arquivos .exe secundários. Os aplicativos geralmente usam componentes compartilhados ou bibliotecas especiais de tempo de execução. Bloquear o aplicativo deve levar tudo isso em consideração se a ferramenta de bloqueio for boa. No caso do MWB, os subcomponentes do aplicativo serão excluídos mesmo que algum deles tente se conectar à Internet, e não ao próprio .exe principal.
Excluir um arquivo .exe faz exatamente isso, sem considerar mais nada. Se esse .exe usa um sub-módulo para fazer algo, o sub-módulo não será excluído.