Eu não tenho o Excel 2016 para testar, o que eu sei:
Até o Excel 2013:
Quando você mescla células no Excel, mescla apenas o "espaço", mas nada mais.
Conteúdo, formatação, borda, preenchimento ... serão mantidos somente na primeira célula e serão perdidos para todos os outros.
Isso é por design.
No Excel Online:
Você pode mesclar apenas os intervalos em que o máximo de uma célula contém informações. Nesse caso, a formatação também é transferida corretamente para mim.