Depende das especificações do SSD M.2. Se usar a especificação SATA III, não haverá diferença perceptível. No entanto, se usar a especificação PCIe NVMe, você não verá velocidades NVMe e estará limitado a velocidades SATA III. Se você quiser velocidades NVMe em sistemas sem um conector M.2, você teria que usar um adaptador M.2 para PCIe e colocá-lo em um dos seus slots PCIe.
Notas:
Os SSDs SATA III normalmente operam entre 500MBps e 600MBps no máximo. Os SSDs NVMe geralmente são executados a partir de 1GBps (alguns chegando a 3GBps em leituras seqüenciais).