As áreas de trabalho virtuais não são máquinas virtuais, por isso compartilham instâncias de programas em execução na máquina.
Cabe ao programa decidir se você tem permissão para abrir várias instâncias ou não.
Por exemplo, o NP ++ (especificamente) tem uma Preferência chamada "Multi-Instância", se você alterar isso para permitir várias instâncias, poderá abrir várias instâncias, inclusive em diferentes áreas de trabalho: