Parece que você fez com que todo o disco virtual de 120 GB dentro da VM fosse um único volume LVM.
Mesmo que você esteja usando apenas parte dele para seus sistemas de arquivos reais.
Isso pode confundir o VMWare.
Eu recomendaria liberar blocos LVM não utilizados e migrar os blocos usados para a frente do disco (obviamente dentro da instalação do Fedora).
Isso deve criar uma grande parte do espaço não alocado no final do disco (deve aparecer como tal no GPartEd).
Em seguida, faça a desfragmentação e encolha novamente.
Se isso não ajudar, há mais uma coisa que você pode tentar:
Converta (uma cópia) do arquivo VMDK para o formato VHD ou VDI e, em seguida, converta-o de volta para VMDK. Isso geralmente leva a arquivos muito menores na minha experiência.
PS.
Eu recomendaria usar o VirtualBox para fazer a conversão. É mais flexível em suas opções de conversão do que VMWare.
(Não instale o VirtualBox no mesmo computador que o VMWare! Eles podem entrar em conflito.)