A Synergy não sabe que a rede subjacente é WPA-Enterprise, nem se importa - desde que possa enviar pacotes IP.
Se o computador 1 pode chegar ao computador 2 depende inteiramente da configuração de rede específica. Por exemplo, a escola pode ter ativado o "isolamento do cliente" em todos os APs (para evitar que o malware se espalhe). Veja se você pode pelo menos fazer ping no outro host.