Isso é por design.
"Margem inferior" definida no Word é o valor mínimo.
Tudo o que cruzaria isso, ou seria abaixo, é colocado automaticamente na próxima página.
Por exemplo se você usar fontes diferentes, tamanhos de fonte, espaçamento entre linhas no texto, isso significa que eles ocupam um espaço vertical diferente, então você provavelmente terá um espaço residual diferente na parte inferior da página. Esta é a razão de pequenas diferenças.
Também as configurações de parágrafo "quebra de página antes", "manter com próxima" e "manter linhas juntas" podem empurrar o texto para a próxima página, mesmo que coubesse antes, fazendo com que várias linhas ficassem vazias na parte inferior da página.