Meu palpite é que a codificação do arquivo de texto criado pelo seu aplicativo de linha de comando (programa DOS) não é hebraico (MS-DOS) (também conhecido como CP 862 ). Portanto, quando você abriu com o Word e selecionou hebraico (MS-DOS) como codificação, ele foi lido incorretamente. Isso parece plausível, pois o CP 862 armazena o texto em ordem visual.
Se você puder determinar corretamente a codificação de caracteres do "arquivo de texto estranho", poderá definir a codificação correta ao abri-la com o Word, e o texto resultante deverá ficar bem. Você pode encontrar a codificação de saída na documentação do seu programa DOS, ou você pode ser capaz de detectar a codificação usando o Notepad ++ (embora possa estar errado). Como último recurso, você pode tentar abrir o arquivo no Word e tentar algumas codificações comuns diferentes.