Você precisa desmarcar a opção "Ativar inicialização rápida" nas Opções de energia do Windows.
Meu desktop (MB: Asus Maximus Hero VIII) parece acordar na LAN bem quando desligar via CMD usando shutdown / t 0, mas não consegue WOL quando eu desligar usando o Iniciar - > Poder - > desligar. A placa de rede é desativada como resultado. SO é o Windows 10 EDU