Eu uso um utilitário que está sempre disponível para avaliar problemas de hardware. É chamado de SpeedFan. Com ele sendo executado, ele reporta os tempos de CPU, MB e ambiente, a velocidade do ventilador e o consumo de energia. Você também pode usá-lo para ajustar a velocidade do ventilador, se assim desejar.
Logo de cara, eu suspeito que você não esteja conectando a bomba do cooler da CPU aos pinos "fan" corretos. Meu Antec Kuehler especificou o conector do ventilador da CPU para a bomba e uma conexão de ventilador para os ventiladores do radiador. Verifique também se está instalando o software do driver para o cooler, porque é isso que controla as velocidades da bomba e do ventilador e regula a temperatura.