Por favor, verifique esta questão . Exceto pela parte do VPS, é uma duplicata.
As respostas básicas continuam as mesmas: para a maioria das instalações, você
- Restaurar tudo de um backup.
- Ou reinstale a partição com o sistema operacional e reinstale todos os pacotes e configurações (espero que você os tenha documentado!)
- Ou altere (restaure) a propriedade de cada arquivo e pasta. Para isso, você deseja verificar quais são as permissões, o que pode ser feito procurando em um backup semi-recente ou instalando uma configuração semelhante. (seguido por alguns scripts).
Mas, se você realmente quiser estar seguro, basta restaurar a partir do backup e aceitar a perda de um trabalho * por dias.
Dito isto: você pode ter sorte de desinstalar e reinstalar o pacote ou atualizá-los. Mas eu nunca confiaria nessa instalação novamente. Restaurar a partir do backup (possivelmente precedido por um backup rápido dos dados adicionados recentemente) seria a minha solução.
* : No entanto, muitas vezes você executa seus backups.