Você não especificou qual sistema operacional ou sistema de arquivos está usando. Há algumas informações úteis aqui: link
Essa é uma pergunta específica da Apple, mas as respostas e os comentários fornecem algumas informações gerais que podem ser úteis para você. Em particular: "Se você deseja copiar arquivos para outro sistema de arquivos, então você precisa compilar o rsync com os patches fileflags, crtimes, ..."
Portanto, supondo que você esteja trabalhando em um sistema que suporte rsync (por exemplo, Linux), essa pode ser sua resposta.
Boa sorte.
Duncan