Parece que não é facilmente respondida aqui. Depois de olhar em volta um pouco mais, vi que atualmente no Mac OS Sierra não há alternativa para o Karabiner-Elements que faz as coisas descritas acima.
No entanto, descobri que embora os atalhos de várias teclas não sejam oficialmente suportados, havia pessoas que conseguiam codificá-lo no programa. Aqui está um Github Repo que faz isso para as teclas de seta IJKL.
Esta parece ser a solução neste momento, até que seja adicionada na GUI do Karabiner-Elements.