Quando você corta o cabo externo do Cat5 (ou cabo similar), desde que você não corte o cabo interno, ele não deverá ter nenhuma conseqüência - a menos que você introduza curvas acentuadas naquele ponto, o que de outra forma não teria sido feito.
Se você expor o cobre, então sim, ele pode causar problemas - o quanto os problemas são ruins depende de qual cabo foi cortado e como o deap. Bater no plástico interno é uma preocupação menor, mas, teoricamente, poderia reduzir o desempenho do cabo - mas, no nível em que você está falando, provavelmente não seria bom.
Existem 2 maneiras aceitas de fiação de cabos - ou vai fazer bem. Na realidade, no Cat5 você deve estar bem com qualquer fiação, desde que, se você jogar um testador de cabos em ambas as extremidades, ele mostre um mapeamento de fios 1: 1.
A quantidade de fio exposto da parede até o conector definitivamente é importante - o cabo pode funcionar com mais fios expostos, mas não funciona tão bem. Os padrões têm limites muito restritos para os comprimentos do cabo exposto - excedam esses limites e a interferência significa que o cabo não funcionará tão bem quanto deveria. (Por razões similares, é por isso que os pares médios são divididos e o cabo cat6 tem mais voltas e melhor separação entre os pares, em seguida, cat5)
(O padrão nos padrões TIA568, eles são diferentes para Cat5 e Cat6. Não me lembro o comprimento máximo, mas acho que é cerca de 1 "a partir do final para Cat5 e menos para Cat6)