Tente isto:
alias atom='/mnt/c/Windows/System32/cmd.exe /c "atom ."'
Para tornar o átomo cli disponível para cmd, cygwin e msys, o atom coloca C:\Users\<name>\AppData\Local\atom\bin
na variável de ambiente PATH do usuário local do Windows. Portanto, esse alias deve executar atom.cmd
desse local usando seu diretório bash atual. Claro que se não estiver no PATH do Windows por algum motivo basta substituir o átomo pelo caminho absoluto do windows de atom.cmd.
Não tenho 100% de certeza de que .
como visto pelo cmd será o diretório atual do Windows bash e infelizmente não posso testá-lo (não na compilação interna), mas esta linha do post de blog de interoperabilidade me faz pensar que deve funcionar (contanto que você esteja em algum lugar em /mnt/<drive letter>/
):
Current working directory of launched NT processes will be inherited by NT processes if it is somewhere inside a DrvFs mount.