Infelizmente, você não pode efetivamente usar o aws cli fornecido pela distribuição porque os mantenedores de distro geralmente focam na estabilidade, então a versão fornecida não mantém a liderança das capacidades do utilitário aws-cli. Como você pode ver ...
The AWS CLI is updated frequently with support for new services and commands.
http://docs.aws.amazon.com/cli/latest/userguide/installing.html
Agora você tem a versão 1.2.9, lançada no final de 2013 .
Você vai querer usar pip ou o instalador incluído .
Eu suspeito que você queira remover o que você instalou com o apt-get, primeiro.