Não sei qual é a causa do problema. No entanto, se você quiser instalar o mysql-server , você pode simplesmente usar outro terminal como xterm , que deve ser instalado por padrão ou outros como: xfce4-terminal , terminator , etc.
A outra solução pode estar usando outros utilitários para instalação de software, como: apt , aptitude , etc.
Você também pode tentar reconfigurar o gnome-terminal que pode ser útil:
sudo dpkg-reconfigure gnome-terminal.