Você assumiu algo que é um equívoco comum.
Aplicativos e software não são a mesma coisa.
Aplicativos são tudo que são instalados automaticamente quando baixados pelo repositório do Windows.
Todos os outros softwares que possuem uma configuração na maior parte do tempo permitem que você escolha onde instalar o software. Por padrão, ele usará% programfiles% e sua contraparte x86 como diretório padrão, permitindo que você navegue para uma pasta diferente durante a instalação, quando escolher uma instalação personalizada.
Agora, dito isso, é possível alterar a variável% programfiles% para que ela sugira automaticamente o novo caminho correto durante a instalação. O problema é que nem todo software respeita isso e ainda pode ter o caminho dos arquivos de programas c: \ codificados no instalador com a opção de navegar para uma pasta diferente, para que nunca seja uma correção 100% garantida.
Mas, mais importante, não é recomendável fazer isso porque pode quebrar janelas. Por exemplo, se você alterar somente o caminho% program files%, alguns programas podem esperar que sua localização esteja no novo local enquanto ele não estiver. Se você mover toda a pasta de arquivos de programa para a unidade D, é provável que os componentes do Windows quebrem, entre o Windows Update.
É possível fazer isso funcionar usando uma junção de diretório, mas, dado que o processo necessário para que isso funcione, está fora do escopo desta questão e pode quebrar todas as janelas se não for feito corretamente. É somente para o usuário avançado que não se importa reinstalar o Windows se ele quebrar.