Clique com o botão direito no painel em thunar onde os diretórios estão, e você pode desmarcar os diretórios se não quiser mostrá-los.
There is a hidden menu to hide Shortcuts in the Side Pane.
Right click in the Side Pane where there are no shortcuts, like on the DEVICES section label. Then you will get a pop-up menu where you can uncheck items you do not want displayed.
Citação retirada do wiki do arch .